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hdf5數(shù)據(jù)庫(kù)的并行讀寫(xiě),是怎么回事?

來(lái)源:千鋒教育
發(fā)布人:xqq
時(shí)間: 2023-10-14 01:12:59 1697217179

一、hdf5數(shù)據(jù)庫(kù)的并行讀寫(xiě)是怎么回事

關(guān)鍵點(diǎn)在于告知數(shù)據(jù)位置(hyperslab)。比如說(shuō)我要把我100*100的矩陣分成10*10的block,我需要告訴代碼我的分配規(guī)則。比如說(shuō),rank0 寫(xiě)在名列前茅行名列前茅列,rank1寫(xiě)在名列前茅行第二列,我就可以寫(xiě)col=rank%10,row=rank/10,(從0計(jì)數(shù)),寫(xiě)的時(shí)候每個(gè)processor會(huì)告知,mydata,myrank,myposition,然后并行的時(shí)候每個(gè)核的數(shù)據(jù)就會(huì)被寫(xiě)在相應(yīng)的位置。

給個(gè)fortran的例子,

CALL h5sselect_hyperslab_f (filespace, H5S_SELECT_SET_F, offset, count, error, stride,block_size)

這里filespace 告知在文件里開(kāi)辟的內(nèi)存id,第二個(gè)內(nèi)置參數(shù),告訴怎樣寫(xiě),后面offset,count,stride,block什么的全都用于描述位置,你可以橫著寫(xiě),數(shù)著寫(xiě),跳著寫(xiě),轉(zhuǎn)著圈寫(xiě)。。。一般我只用兩個(gè)參數(shù)就能描述清楚了,因?yàn)槲腋愕氖墙Y(jié)構(gòu)網(wǎng)格,一開(kāi)始還不理解為什么那么多種寫(xiě)數(shù)據(jù)的花型。直到后面寫(xiě)作業(yè)用到非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格,這個(gè)時(shí)候描述數(shù)據(jù)位置就尤其重要了,因?yàn)槟阈枰屜噜弍rocessor處理的數(shù)據(jù)物理空間也盡量靠近,這樣才能減少block之間的信息交互,然后提高計(jì)算速度。

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二、并發(fā)鎖

在一定條件下,MyISAM也支持查詢和操作的并發(fā)進(jìn)行。
MyISAM存儲(chǔ)引擎有一個(gè)系統(tǒng)變量concurrent_insert,專門(mén)用以控制其并發(fā)插入的行為,其值分別可以為0、1或2。
當(dāng)concurrent_insert設(shè)置為0時(shí),不允許并發(fā)插入。
當(dāng)concurrent_insert設(shè)置為1時(shí),如果MyISAM允許在一個(gè)讀表的同時(shí),另一個(gè)進(jìn)程從表尾插入記錄。這也是MySQL的默認(rèn)設(shè)置。
當(dāng)concurrent_insert設(shè)置為2時(shí),無(wú)論MyISAM表中有沒(méi)有空洞,都允許在表尾插入記錄,都允許在表尾并發(fā)插入記錄。
可以利用MyISAM存儲(chǔ)引擎的并發(fā)插入特性,來(lái)解決應(yīng)用中對(duì)同一表查詢和插入鎖爭(zhēng)用。例如,將concurrent_insert系統(tǒng)變量為2,總是允許并發(fā)插入;同時(shí),通過(guò)定期在系統(tǒng)空閑時(shí)段執(zhí)行OPTIONMIZE TABLE語(yǔ)句來(lái)整理空間碎片,收到因刪除記錄而產(chǎn)生的中間空洞。

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